IM prowadzi współpracę z interesariuszami zewnętrznymi, zarówno sektora państwowego jak i prywatnego, reprezentującymi instytucje edukacyjne, finansowe, analityczne i informatyczne, odpowiadające ścieżkom kształcenia, które mogą wybierać studenci.

Celami współpracy są m.in.: doskonalenia programu studiów i budowanie nowej, atrakcyjnej oferty dla kandydatów i studentów, współpraca w zakresie edukacji szkolnej, w tym przygotowania do wykonywania zawodu nauczyciela, doskonalenia zawodowego, inicjatyw o charakterze edukacyjnym, popularyzujących naukę wśród młodzieży i wpływających na ich rozwój w dyscyplinie matematyki i dyscyplinach pokrewnych, pomoc w przygotowaniu studentów i absolwentów do wejścia na rynek pracy oraz inne działania, w których następuje transfer wiedzy i technologii.

Partnerzy Instytutu Matematyki w obszarze edukacji:

• IV Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy
• VI Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy
• IX Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Dwujęzycznymi w Bydgoszczy
• XV Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Mistrzostwa Sportowego w Bydgoszczy
• Kujawsko-Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Bydgoszczy
• Kuratorium Oświaty w Bydgoszczy
• Politechnika Warszawska Filia w Płocku
• Szkoła Podstawowa nr 12 z Oddziałami Integracyjnymi w Bydgoszczy
• Szkoła Podstawowa nr 44 Mistrzostwa Sportowego w Bydgoszczy
• Towarzystwo Naukowe Płockie
• Zespół Szkół Budowlanych w Bydgoszczy
• Zespół Szkół Mechanicznych nr 1 w Bydgoszczy
• Zespół Szkół Samochodowych w Bydgoszczy

Partnerzy Instytutu Matematyki w obszarze gospodarczym:

• ABRAMCZYK Sp. z o.o.
• BluSoft Sp. z o.o.
• BluStreamTv
• Ivy Technology Poland sp. z o.o.
• LOGON S.A.
• Logonet Sp. z o.o.,
• PKO Bank Polski Oddział 1 w Bydgoszczy
• Urząd Statystyczny w Bydgoszczy