Instytut Matematyki w obecnej formie rozpoczął swoją działalność od roku akademickiego 2019/2020 wraz z nową strukturą Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy.

Jako jednostka organizacyjna Uniwersytetu Instytut prowadzi studia na kierunku Matematyka przygotowujące do wykonywania zawodu nauczyciela matematyki lub do podjęcia pracy zawodowej w różnych instytucjach finansowych oraz informatycznych wykorzystujących metody matematyczne. Pracownicy Instytutu oprócz zajęć na kierunku Matematyka prowadzą też zajęcia na innych kierunkach Uniwersytetu, głównie inżynieryjno-technicznych i przyrodniczych. Matematyka należy do kanonu kierunków ogólnoakademickich o tradycyjnej formule, który jest powszechnie znanym kierunkiem kształcenia studentów Uniwersytetu. Studia prowadzone są w formie stacjonarnej.

Instytut Matematyki dzieli się na dwie Katedry: Katedrę Analizy Matematycznej i Algebry i Katedrę Topologii i Interdyscyplinarnych Zastosowań Matematyki oraz Zakład Dydaktyki. Pracownicy badawczy i badawczo-dydaktyczni reprezentują cztery specjalności naukowe – algebrę, analizę funkcjonalną, teorię funkcji rzeczywistych i topologię. Zajmują się też zastosowaniami matematyki w dyscyplinach inżynieryjno-technicznych. Pracownicy zatrudnieni w Zakładzie Dydaktyki angażują się we współpracę Instytutu ze szkołami oraz otoczeniem społeczno-gospodarczym, a także uczestniczą w konferencjach dydaktycznych dotyczących dyscypliny.

Instytut w nowej strukturze Uniwersytetu kontynuuje tradycje jednostki, która swą działalność rozpoczęła w roku 1971 jako Zakład Matematyki i Fizyki a od roku 1978 funkcjonowała jako samodzielny Zakład Matematyki. Zakład ten w roku 1980 przekształcono w Instytut Matematyki.