IM prowadzi współpracę z interesariuszami zewnętrznymi, zarówno sektora państwowego jak i prywatnego, reprezentującymi instytucje edukacyjne, finansowe, analityczne i informatyczne, odpowiadające ścieżkom kształcenia, które mogą wybierać studenci.

Celami współpracy są m.in.: doskonalenia programu studiów i budowanie nowej, atrakcyjnej oferty dla kandydatów i studentów, współpraca w zakresie edukacji szkolnej, w tym przygotowania do wykonywania zawodu nauczyciela, doskonalenia zawodowego, inicjatyw o charakterze edukacyjnym, popularyzujących naukę wśród młodzieży i wpływających na ich rozwój w dyscyplinie matematyki i dyscyplinach pokrewnych, pomoc w przygotowaniu studentów i absolwentów do wejścia na rynek pracy oraz inne działania, w których następuje transfer wiedzy i technologii.

Partnerzy Instytutu Matematyki:

Kuratorium Oświaty w Bydgoszczy

VI Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy 

IV Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy 

Państwowy Zespół Szkół Muzycznych w Bydgoszczy

Zespół Szkół nr 5 Mistrzostwa Sportowego w Bydgoszczy

 Kujawsko-Pomorski Ośrodek Badań Regionalnych, Urząd Statystyczny w Bydgoszczy

 Logonet Sp. z o.o., Grupa LOGON, Bydgoszcz

 Ivy Technology, Bydgoszcz

 PKO Bank Polski Oddział 1 w Bydgoszczy

 Narodowy Bank Polski Oddział Okręgowy w Bydgoszczy