IM prowadzi współpracę z interesariuszami zewnętrznymi, zarówno sektora państwowego jak i prywatnego, reprezentującymi instytucje edukacyjne, finansowe, analityczne i informatyczne, odpowiadające ścieżkom kształcenia, które mogą wybierać studenci.

Celami współpracy są m.in.: doskonalenia programu studiów i budowanie nowej, atrakcyjnej oferty dla kandydatów i studentów, współpraca w zakresie edukacji szkolnej, w tym przygotowania do wykonywania zawodu nauczyciela, doskonalenia zawodowego, inicjatyw o charakterze edukacyjnym, popularyzujących naukę wśród młodzieży i wpływających na ich rozwój w dyscyplinie matematyki i dyscyplinach pokrewnych, pomoc w przygotowaniu studentów i absolwentów do wejścia na rynek pracy oraz inne działania, w których następuje transfer wiedzy i technologii.

Partnerzy Instytutu Matematyki:

• Kujawsko-Pomorski Ośrodek Badań Regionalnych, Urząd Statystyczny w Bydgoszczy
• Logonet Sp. z o.o.,
• LOGON S. A.
• Ivy Technology Poland sp. Z o.o.
• Abramczyk Sp. z o.o.,
• BluSoft Sp. z o.o.
• BluStreamTv
• PKO Bank Polski Oddział 1 w Bydgoszczy
• Zespół Szkół nr 5 Mistrzostwa Sportowego
• Państwowy Zespół Szkół Muzycznych
• SP nr 12 z Oddziałami Integracyjnymi
• IV Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy
• VI Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy
• IX Liceum Ogólnokształcące w Bydgoszczy
• Kuratorium Oświaty w Bydgoszczy
• Kujawsko-Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Bydgoszczy
• Towarzystwo Naukowe Płockie
• Politechnika Warszawska Filia w Płocku